公安机关扣押车辆的处理办法如下：1、如果作为作案用嫌疑车辆扣押，如果与案件无关，那么在3日之内返还；2、如果属于作案工具等，车辆随案件走程序，最终由法院判决处理。非法扣押车辆如何认定1、主体为一般主体，凡年满16周岁具有刑事责任能力的自然人均可构成；2、在主观方面必须出于故意，即明知属于他人交与自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物而仍非法占为己有；3、所侵害的客体是他人财物的所有权。
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