员工欠公司款项，公司可从其本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过当月工资的20%，如扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。见：工资支付暂行条例第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金
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用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：（1）克扣或者无故拖欠劳动者工资的;（2）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;（3）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;（4）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。