已还清借款但对方否认，应首先协商解决。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，如协商无果且数额较大，可向法院起诉并申请强制执行，避免权益受损。不及时处理可能导致长期纠纷及额外经济损失。
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对对方否认还款，常见处理方式为协商或诉讼。数额较小建议协商，成本低效率高；数额较大或协商无果时，应选择向法院提起诉讼，以法律手段维护自身权益。
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对方否认还款，处理方式如下：1.协商：与对方沟通，提供还款证据，尝试达成和解。2.诉讼：若协商无果，准备相关证据，向法院提起诉讼，要求判决并强制执行。3.保留证据：无论选择哪种方式，务必保留好所有还款记录和沟通证据，以备不时之需。